Здравствуйте!
1. Попробуйте отключить опции связанные с оптимизацией скриптов (минификация, отключение jquery migrate). Без настройки плагина, ничего на сайте не должно измениться.
2. В разделе Updates-Themes просто фейковая страница в бесплатной версии не обращайте на нее внимание, контроль обновлений тем находится на странице "Updates". "Monual updates" - это опция по умолчанию, обновления вручную.
С уважением, Алекс