Здравствуйте.
В новой версии обновлялся Менеджер скриптов, и может быть настройки не правильно перенеслись. Попробуйте отключить pagenavi-css.css в менеджере скриптов, а потом снова включить.
Если это не поможет, то мне нужен будет доступ в админку вашего сайта, чтобы смог выяснить в чем проблема.